* Mühlhausen (Kraichgau), Gemeinde im Rhein-Neckar-Kreis
* Mühlhausen im Täle, Gemeinde im Landkreis Göppingen
* Mühlhausen, Ortsteil der Gemeinde Mühlhausen-Ehingen im Landkreis Konstanz
* Mühlhausen an der Enz, Stadtteil von Mühlacker im Enzkreis
* Mühlhausen an der Würm, Ortsteil der Gemeinde Tiefenbronn im Enzkreis
* Mühlhausen bei Schwenningen, Stadtteil von Villingen-Schwenningen im Schwarzwald-Baar-Kreis
* Mühlhausen (Eberhardzell), Ortsteil der Gemeinde Eberhardzell im Landkreis Biberach
* Mühlhausen (Herdwangen-Schönach), Ortsteil der Gemeinde Herdwangen-Schönach im Landkreis Sigmaringen
* Mühlhausen (Oberstadion), Ortsteil der Gemeinde Oberstadion im Landkreis Biberach
* Mühlhausen (Stuttgart), Stadtteil von Stuttgart
* Mühlhausen (Affing), Ortsteil der Gemeinde Affing im Landkreis Aichach-Friedberg
* Mühlhausen (Estenfeld), Ortsteil der Gemeinde Estenfeld im Landkreis Würzburg
* Mühlhausen (Ingolstadt), Stadtteil von Ingolstadt
* Mühlhausen (Kastl), Ortsteil der Gemeinde Kastl im Landkreis Amberg-Sulzbach
* Mühlhausen (Mengkofen), Ortsteil der Gemeinde Mengkofen im Landkreis Dingolfing-Landau
* Mühlhausen (Mittelfranken), Gemeinde im Landkreis Erlangen-Höchstadt
* Mühlhausen (Neustadt), Stadtteil von Neustadt an der Donau im Landkreis Kelheim
* Mühlhausen (Nußdorf am Inn), Ortsteil der Gemeinde Nußdorf am Inn im Landkreis Rosenheim
* Mühlhausen (Oberpfalz), Gemeinde im Landkreis Neumarkt in der Oberpfalz
* Mühlhausen (Tacherting), Ortsteil der Gemeinde Tacherting im Landkreis Traunstein
* Mühlhausen (Werneck), Ortsteil der Gemeinde Werneck im Landkreis Schweinfurt
* Mühlhausen (Breuberg), Ortsteil der Gemeinde Breuberg im Odenwaldkreis
* Mühlhausen (Homberg), Stadtteil von Homberg (Efze) im Schwalm-Eder-Kreis
* Mühlhausen (Twistetal), Ortsteil der Gemeinde Twistetal im Landkreis Waldeck-Frankenberg
* Mühlhausen (Unna), Stadtteil der Kreisstadt Unna
* Mühlhausen (Wiehl), Stadtteil von Wiehl im Oberbergischen Kreis
* Mühlhausen/Vogtland, Stadtteil von Bad Elster im Vogtlandkreis
* Mühlhausen/Thüringen, Kreisstadt des Unstrut-Hainich-Kreises
* Mülhausen (Elsass) (französisch: Mulhouse), Stadt im Elsass, Frankreich
* Mulhausen (Mühlhausen), Ort im Niederelsass, Frankreich
* Mühlhausen an der Moldau, heute Nelahozeves, Tschechische Republik
* Mühlhausen in Südböhmen, heute Milevsko, Tschechische Republik
* Mühlhausen in Ostpreußen, heute Młynary, Polen
